Der größte Vorteil der Wasserbetten liegt bekanntlich in deren Hygiene und der besonders allergikerfreundlichen Sauberkeit. Doch damit diese auch stets gegeben bleibt, muss man Wasserbetten entsprechend gründlich und regelmäßig reinigen.
So ist es zum Beispiel unbedingt vonnöten, sich für den richtigen Reiniger zu entscheiden, da es hier doch teils erhebliche Unterschiede gibt. Am einfachsten und sichersten ist es wohl, sich für den Reiniger zu entscheiden, den der Wasserbetten Händler anbietet. Dabei sollte man stets beachten, dass dieser zwar etwas teurer sein kann, aber insbesondere bei speziellem Vinyl, wie es von vielen Herstellern verwendet wird, unverzichtbar ist. Auch beim Konditionierer für die Wasserbetten ist der vom Hersteller empfohlene Konditionierer die sicherste Variante.
Obwohl man bei Wasserbetten allgemein von sehr sauberen und hygienischen Schlafunterlagen ausgeht, wird man verwundert sein, sollen diese gereinigt werden. Auf dem Vinyl des Wasserkerns lagern sich zahlreiche Haare und Hautpartikel ab, die erst mit dem Vinyl Reiniger wieder entfernt werden können. Würde man diese Reinigung der Wasserbetten nicht etwa alle vier bis sechs Wochen durchführen, so müsste man davon ausgehen, dass die Hautpartikel und Haare eine ideale Nahrungsquelle für Milben und Co. bieten. Das heißt, schnell kann das Wasserbett in diesen Fällen wieder zur Gefahr für Allergiker werden.
Weiterhin sollte man sich stets bewusst machen, dass auch das Wasser im Wasserbett einmal umkippen kann. Dies geschieht dann, wenn es nicht frisch gehalten wird und sich Algen und Co. in diesem ansammeln können. Oft kommt es dann zu teils massiven Geruchsbelästigungen, im schlimmsten Fall sogar zur Schimmelbildung. Um dem vorzubeugen, muss der Konditionierer mindestens einmal pro Jahr ins Wasser gegeben werden. Dann wird mit Sicherheit auch kein Wasserwechsel im Wasserbett nötig werden.